Piero (Perino, Pietro) Tomacelli discendeva da una antica ma impoverita famiglia baronale di Napoli. Pur non essendo né un esperto teologo, né abile negli affari della curia, si mosse con tatto e prudenza in un epoca difficile. Germania, Inghilterra, Ungheria, Polonia e gran parte dell'Italia lo accettarono come Papa, (lui e il Papa di Avignone, Clemente VII, si erano scomunicati a vicenda) ma il giorno prima della sua elezione, Clemente avava incoronato un principe francese, Luigi II d'Angiò, Re di Napoli. Il giovane Ladislao era l'erede di diritto di Carlo II di Napoli e Margherita di Durazzo, discendente da una linea nobiliare che aveva tradizionalmente appoggiato i Papi nelle loro lotte a Roma, contro il partito anti-papista della città. Bonifacio fece si che Ladislao venisse incoronato Re di Napoli (a Gaeta il 29 maggio 1390) e lavorò con lui nel decennio successivo per espellere le forze angioine dall'Italia meridionale.

Nel corso del suo regno Bonifacio riuscì a far cessare la problematica indipendenza della comune di Roma e stabilì il controllo temporale del Papa, anche se ciò richiese non solo la fortificazione di Castel Sant'Angelo, ma anche dei ponti sul Tevere, e per diverse stagioni fu costretto a risiedere nelle più tranquille Assisi o Perugia. Egli inoltre prese il porto di Ostia al suo cardinale-vescovo. Negli Stati Pontifici Bonifacio ottenne di nuovo gradualmente il controllo delle principali città e castelli, e rifondò gli Stati nella forma che avrebbero mantenuto per tutto il XV secolo.

Clemente VII morì ad Avignone, il 16 settembre 1394, ma i cardinali francesi elessero prontamente un successore (28 settembre), il Cardinale Pedro de Luna, che prese il nome di Benedetto XIII. Nel corso degli anni seguenti Bonifacio venne invitato ad abdicare persino dai suoi più forti sostenitori: Riccardo II d'Inghilterra (1396), la Dieta di Francoforte (1397), e Re Venceslao di Germania (a Reims, 1398), ma Bonifacio rifiutò. Crebbe inoltre la pressione per un concilio ecumenico, come unico modo per ricomporre lo Scisma d'occidente, ma il movimento conciliare non si fece strada durante il papato di Bonifacio.

Durante il pontificato di Bonifacio vennero celebrati a Roma due giubilei. Il primo nel 1396, era stato dichiarato dal suo predecessore Urbano VI, e fu molto partecipato da Germania, Ungheria, Polonia, Boemia, e Inghilterra. Diverse città della Germania ottennero i "privilegi del giubileo" e vennero chieste delle indulgenze, ma queste diedero vita ad abusi e scandali. Il giubileo del 1400 attirò a Roma grandi folle di pellegrini, in particolare dalla Francia. Nonostante una disastrosa epidemia di peste, Bonifacio rimase in città.

Nella seconda metà del 1399 sorsero gruppi di penitenti flagellanti, noti come Bianchi, o Albati, specialmente in Provenza, dove gli Albigesi erano stati sterminati meno di un secolo prima, che si diffusero poi in Spagna e nell'Italia settentrionale. Questi evocarono scomodi ricordi delle processioni di flagellanti erranti del periodo della Morte Nera (1348-49). Si spostavano in processione di città in città, indossando vesti bianche, con i volti coperti e una croce rossa cucita sulla schiena, seguendo un capo che portava una grossa croce. Le voci di di un imminente giudizio divino e le visioni della Vergine Maria abbondarono. Cantavano un inno divenuto rapidamente popolare, lo Stabat Mater, durante le loro processioni. Per un momento, mentre i "penitenti bianchi" si avvicinavano a Roma, Bonifacio e la curia appoggiarono il loro entusiasmo penitenziale, ma quando questi raggiunsero la città, Bonifacio fece bruciare sul rogo il loro capo, e questi si dispersero rapidamente. "Bonifacio frammentò gradualmente queste folle vaganti, facile preda di agitatori e cospiratori, e infine le dissolse." come viene riportato nella Catholic Encyclopedia.

In Inghilterra le prediche anti-papali di John Wyclif appoggiarono l'opposizione del Re e dell'alto clero all'abitudine di Bonifacio di garantire i benefici inglesi alla curia romana, man mano che questi diventavano vacanti. Bonifacio introdusse una novità nella forma di entrate note come annates perpetuæ, trattenendo metà delle entrate del primo anno di ogni beneficio garantito alla corte romana. Il Parlamento inglese confermò ed estese gli statuti di "Provisore" e "Præmunire" di Edoardo III, dando al re potere di veto sulle nomine pontifice in Inghilterra. Bonifacio venne sconfitto da un fronte unito, e la lunga controversia venne infine appianata, per la soddisfazione del re inglese. Al Sinodo di Londra (1396), i vescovi inglesi si riunirono comunque per condannare Wyclif.

In Germania gli elettori avevano deposto a Rhense (20 agosto 1400) il poco valido Venceslao, e scelsero al suo posto Rupert, Duca di Baviera e Conte del Palatinato Renano. Nel 1403 Bonifacio approvò la deposizione ed incoronò Rupert. Nel 1398 e 1399 Bonifacio si appellò all'Europa cristiana in favore dell'Imperatore bizantino Manuele, minacciato a Costantinopoli dal Sultano Bajazet, ma ci fu poco entusiasmo per una nuova corciata a quell'epoca. Santa Brigitta di Svezia venne canonizzata da Bonifacio il 7 ottobre 1391. Le università di Ferrara (1391) e Fermo (1398) devono la loro origine a Bonifacio, e quella di Erfurt il suo riconoscimento (1392).

Nel 1404 Bonifacio morì, dopo una breve malattia.

Bonifacio IX fu un politico franco, visto che fu interessato al denaro come gli altri principi europei, in quanto il costo della guerra moderna cresceva e i sostenitori dovevano essere incoraggiati con doni, poiché i governi del XIV secolo dipendevano da tutti gli appoggi personali che un governante poteva raccogliere e mantenere. Il traffico in benefici, la vendita di dispense e simili, non coprivano le perdite di fonti locali di reddito causate dalla lunga assenza del Papato da Roma. Le entrate dall'estero diminuirono a causa dello scisma, delle spese per la pacificazione e la fortificazione di Roma, delle guerre costanti provocate dall'ambizione francese e dalla riconquista degli Stati Pontifici. Bonifacio certamente si prese cura generosamente della madre, dei fratelli e dei nipoti, così come era nello spirito dei tempi. La Curia fu forse parimenti responsabile per i nuovi sistemi finanziari che erano destinati nel secolo successivo a far sorgere amari sentimenti contro Roma, particolarmente in Germania.