Ippolito Aldobrandini nacque a Fano il 24 febbraio 1536 (alcuni sostengono nel 1535). Compì i suoi studi nelle città di Padova, Perugia e Bologna dove si laureò in giurisprudenza. Essendo un ottimo giurista fu nominato avvocato concistoriale e uditore di Rota. Nel 1585 fu nominato cardinale e l'anno dopo fu inviato come legato in Polonia. Il 30 gennaio 1592 il cardinale Aldobrandini fu eletto pontefice dopo un conclave durato circa un mese, con i voti dei cardinali oppositori alla Spagna, e venne consacrato il 2 febbraio. Egli si impegnò subito nel tentativo di attuare una riforma del cattolicesimo in tutti i paesi. L'evento più importante del suo regno fu la riconciliazione con la Francia, dopo lunghe trattative in cui mediarono importanti delegati della Repubblica di Venezia ed il cardinale D'Ossat. Il 15 agosto 1592 con la bolla Pro commissa nobis istituì la Congregazione del Buon Governo, per controllare più da vicino le amministrazioni dei comuni pontifici. Il 25 luglio 1595 avvenne il riconoscimento ufficiale come re di Enrico IV di Francia, che due anni prima aveva abbracciato il cattolicesimo; tale evento contrastò il predominio del protestantesimo in Francia. L'Europa deve molto a questo Papa per la Pace di Vervins, che il 2 maggio 1598 pose fine alla lunga contesa tra Francia e Spagna, riportando i confini dei due stati a quelli stabiliti nel trattato di Cateau-Cambrésis del 1559. Clemente inoltre pose a compimento l'annessione di Ferrara agli Stati Pontifici, successivamente all'estinzione della famiglia d'Este; questa fu l'ultima importante aggiunta ai domini temporali dei Papi. Aver arso vivo Giordano Bruno il 17 febbraio 1600, è una macchia su un pontificato altrimenti esemplare; l'altra ventina di eretici bruciati durante il regno di Clemente VIII furono infatti tutti preventivamente uccisi per impiccagione o decapitazione.

Clemente fu un abile governante ed un saggio statista. Lo scopo generale delle sue politiche fu quello di liberare il Papato dalla sua non dovuta dipendenza dalla Spagna. Le conferenze per determinare le questioni sulla grazia e il libero arbitrio, che venivano dibattute tra Gesuiti e Domenicani, ebbero inizio sotto il suo pontificato, ma egli si astenne saggiamente dal prendere una decisione in merito. Morì nel marzo 1605, lasciando un buon ricordo per la sua prudenza, munificenza e capacità negli affari. Il suo pontificato fu caratterizzato inoltre dal numero e dalla bellezza delle medaglie che furono coniate.

Gli appassionati del caffè sostengono che la diffusione e la popolarità della bevanda, agli inizi del XVII secolo, si deve all'influenza di Clemente. Pur con le pressioni dei suoi consiglieri che volevano che dichiarasse il caffè una bevanda del diavolo, a causa della sua popolarità tra i musulmani del Medio Oriente, egli dichiarò che, "Questa bevanda del diavolo è così buona... che dovremmo cercare di ingannarlo e battezzarlo." Non è chiaro se la storiella sia vera o meno. È documentato, peraltro, che il suo medico personale Andrea Cesalpino, il quale era anche botanico, fu il primo occidentale a descrivere nelle sue opere la pianta del caffè.

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