Già nell'872 era stato candidato alla sede papale, ma a causa di complicazioni politiche lasciò Roma e la corte di Papa Giovanni VIII nello stesso anno. Giovanni riunì un sinodo, e a Formoso venne ordinato di fare ritorno a Roma pena la scomunica per aver ambito all'Arcivescovado di Bulgaria, allo Scranno Papale, per essersi opposto all'imperatore ed aver abbandonato la sua diocesi senza il permesso del pontefice, aver rovinato i conventi di Roma, prestato servizio divino nonostante l'interdizione, e aver cospirato con uomini e donne indegne per la distruzione della sede papale. La condanna di Formoso e di altri venne annunciata nel luglio dell'872. Nell'878 la sentenza di scomunica venne ritirata, dopo che egli ebbe promesso di non fare mai più ritorno a Roma e di non esercitare mai più le sue funzioni sacerdotali.

Il successore di Giovanni, Papa Marino I, nell'883 lo reinsediò nella Diocesi di Porto (Ostia). Successivamente ai regni di Marino, Adriano III (884-885), e Stefano VI (885-891), Formoso venne eletto Papa il 6 ottobre 891.

Formoso fu costretto ad incoronare il duca Guido di Spoleto, come Imperatore Romano, nell'aprile 892. Altre questioni del periodo furono che a Costantinopoli il patriarca Fotio era stato espulso e il Stefano I, figlio dell'Imperatore Basilio I, ne aveva preso il posto. Ci fu una discussione tra gli Arcivescovi di Colonia e Amburgo, riguardo il Vescovato di Brema. Nella contesa tra Oddone, Conte di Parigi e Carlo il Semplice, per la Corona francese, il Papa si schierò con Carlo.

Formoso persuase Arnulfo di Carinzia ad avanzare su Roma e liberare l'Italia. Nell'894, Arnulfo soggiogò tutta la parte a nord del Po. Guido morì nel dicembre, lasciando il figlio Lamberto a prendersi cura della madre Agiltrude, un'avversaria dei Carlovingi. Nell'autunno dell'895 Arnulfo intraprese la sua seconda campagna italiana, e nell'896 venne incoronato dal Papa a Roma. Il nuovo imperatore si mosse contro Spoleto, ma venne colpito da una paralisi mentre era in marcia e non fu in grado di continuare la campagna.

Nell'aprile dell'896 Formoso morì. Gli successe Papa Bonifacio VI.

Papa Stefano VII, il successore di Bonifacio, influenzato da Lamberto ed Agiltrude processò Formoso nell'897, in quello che venne chiamato il Sinodo del cadavere. Il cadavere di Formoso venne dissotterrato, vestito dei paramenti pontifici e collocato su un trono per rispondere a tutte le accuse che erano state avanzate da Giovanni VIII. Il verdetto stabilì che il deceduto era stato indegno del pontificato. Tutti i suoi atti e le sue misure vennero annullati, e gli ordini da lui conferiti vennero dichiarati non validi. Le vesti papali vennero strappate dal suo corpo, le tre dita della mano destra, usate dal Papa per le consacrazioni, vennero tagliate e il cadavere gettato nel Tevere. Dopo la morte di Stefano il corpo venne reinumato nella Basilica di San Pietro. Ulteriori processi di questo tipo contro persone decedute vennero vietati. Ma Papa Sergio III (904-911) riapprovò le decisioni contro Formoso, chiedendo il riordinamento dei vescovi consacrati da Formoso, che a loro volta avevano conferito l'ordine a molti altri ecclesiastici, causando una grande confusione. Successivamente la validità del lavoro di Formoso venne ripristinata. La decisione di Sergio venne ignorata dalla Chiesa, poiché questi fu un uomo immorale, colpevole di aver commesso degli omicidi.