Figlio del nobile Rampoaldo di origini germaniche , Giovanni IX nacque a Tivoli intorno all' anno 840. All'interno della gerarchia ecclesiastica fu dapprima monaco Benedettino, successivamente nominato diacono da papa Formoso ed infine cardinale da papa Sergio III.

La sua elezione al soglio pontificio, avvenuta tra il dicembre 897 ed il gennaio 898 fu dovuta molto probabilmente al fatto che essendo di nobili origini germaniche, questo favorisse la fronda filogermanica e di conseguenza la nomina imperiale di Arnolfo ma, Giovanni IX preferì invece riconfermare la linea di accondiscendenza verso Lamberto di Spoleto, il quale essendo già in territorio italico poteva maggiormente assicurare al pontefice la presenza di un "braccio armato".
Nella primavera dell' 898 il papa convocò a Ravenna un concilio di 74 vescovi il quale arrivò ad una serie di conclusioni molto importanti sia dal punto di vista cristiano che dal punto di vista laico:
- Il concilio annullò tutti gli atti del famoso "processo del cadavere" per il quale il corpo di Formoso fu precedentemente riesumato e le spoglie profanate e gli incartamenti furono bruciati sulla pubblica piazza.
- Lo stesso Formoso fu totalmente riabilitato.
- Furono perdonati i vescovi di Albano, Porto, Velletri, Gallese, Orto e Tuscania, dopo un atto di sottomissione e la pubblica dichiarazione di aver subito minacce di morte se non avessero partecipato allo stesso processo e la conseguente risoluzione.
- Furono scomunicati i vescovi di Cere, i preti Benedetto e Marino ed i diaconi Leone, Pasquale e Giovanni per aver ordito con l'inganno l'ignobile processo.
- Fu annullata l'unzione dell'imperatore Arnolfo in quanto carpita ed imposta in mala fede allo stesso papa Formoso.
- Fu riconfermata l' elezione imperiale di Lamberto duca di Spoleto.
- Infine fu ribadita la completa autonomia della Chiesa nell'elezione del proprio pontefice.

Alla fine del concilio Lamberto incontrò il pontefice a Ravenna e rinnovò la sua promessa di restituire tutti i territori appartenuti alla Chiesa stessa.

Purtroppo il gran lavoro svolto da Giovanni IX fu rimesso totalmente in discussione quando nell'agosto dell' anno 899 la penisola fu invasa dagli eserciti ungari. Berengario tentò di opporsi costituendo un esercito con i feudi di Verona, Modena e Pavia ma proprio sulle rive del Brenta nei pressi di Padova , il suo esercito fu letteralmente sopraffatto dagli invasori.
L'invasione potè proseguire anche grazie alla morte di Lamberto avvenuta per una caduta da cavallo nel bosco di Marengo (nell'attuale Piemonte) e a quella di Arnolfo, avvenuta nel novembre dello stesso anno.

Giovanni si spense nel gennaio dell'anno 900 e fu sepolto in San Pietro.