Migliorati proveniva da una famiglia semplice della piccola cittadina di Sulmona in Abruzzo. Si distinse per i suoi studi sia nel diritto civile che nel diritto canonico, che insegnò per un certo periodo a Perugia e a Padova. Il suo insegnante, Lignano, lo sponsorizzò a Roma, dove Urbano VI lo fece entrare nella Curia, inviandolo per dieci anni come collettore pontificio in Inghilterra, e successivamente lo nominò vescovo di Bologna (1386) e arcivescovo di Ravenna (1387).

Papa Bonifacio IX lo rese cardinale e lo impiegò come legato pontificio in diverse missioni importanti e delicate. Quando Bonifacio IX morì, erano presenti a Roma delegati del Papa rivale di Avignone, Benedetto XIII. I cardinali romani chiesero a questi delegati se il loro signore avrebbe voluto abdicare, in caso loro si fossero astenuti dal tenere un elezione. Quando gli venne bruscamente risposto che Benedetto non avrebbe mai accettato (e infatti non lo fece mai), i cardinali procedettero all'elezione. Prima, comunque, prestarono tutti giuramento solenne di non lasciare niente intentato, allo scopo di terminare lo scisma.

Migliorati venne scelto all'unanimità — da otto cardinali — (17 ottobre 1404) e prese il nome di Innocenzo VII. Ci fu una rivolta generale del partito ghibellino, quando giunse notizia della sua elezione, ma la pace venne mantenuta con l'aiuto di Re Ladislao di Napoli, che corse a Roma con un gruppo di soldati per assistere il Papa nel sopprimere l'insurrezione. Per i suoi servigi il Re estorse diverse concessioni ad Innocenzo, tra queste la promessa che non avrebbe raggiunto nessun accordo con il Papa rivale di Avignone, che avesse compromesso le pretese di Ladislao su Napoli, le quali erano state sfidate fino a poco prima da Luigi II d'Angiò. Questo stava bene a Innocenzo, che non aveva alcuna intenzione di scendere con Avignone, a patti che compromettessero le sue rivendicazioni sugli Stati Pontifici. Innocenzo venne così a trovarsi costretto a obblighi imbarazzanti, dai quali si liberò alla prima occasione.

Innocenzo aveva commesso il grave errore di elevare al cardinalato un suo nipote decisamente inadatto al ruolo, Ludovico Migliorati, un pittoresco condottiero, in precedenza al soldo di Giangaleazzo Visconti di Milano, la cui violenta carriera di sodato di fortuna gli stava ancora in gran parte innanzi. Un atto di nepotismo che avrebbe pagato caro. Nell'agosto 1405, il cardinale intercettò undici rappresentanti della chiassosa fazione romana avversa al Papa, che erano di ritorno da una conferenza col pontefice, e li fece assassinare nella sua casa, facendone poi gettare i corpi in strada, dalle finestre dell'ospedale di Santo Spirito. Ci fu una sollevazione. Papa, corte e cardinali, assieme alla fazione di Migliorati, fuggirono verso Viterbo. Ludovico prese l'occasione per portare via del bestiame che pascolava fuori dalle mura, e il partito del Papa venne inseguito dai romani inferociti, perdendo trenta membri, i cui corpi vennero abbandonati nella fuga. Tra questi vi era l'abate di Perugia, colpito sotto gli occhi del Papa.

Il suo protettore Ladislao, inviò una squadra di soldati a sedare la rivolta, e per il gennaio del 1406 i romani accettarono nuovamente l'autorità papale, e Innocenzo si sentì in grado di fare ritorno a Roma (In marzo Innocenzo nominò Ludovico Marchese e Conte di Fermo). Ladislao, non contento delle concessioni fattegli in precedenza, desiderava estendere la sua autorità su Roma e sugli Stati Pontifici. Per ottenere i suoi scopi aiutò la fazione ghibellina di Roma nei suoi tentativi rivoluzionari. Un contingente di truppe che Re Ladislao aveva mandato in aiuto della fazione dei Colonna occupava ancora Castel Sant'Angelo, in apparenza per proteggere il Vaticano, ma compiendo frequenti sortite su Roma e il territorio circostante. Solo dopo che Ladislao venne scomunicato cedette alle richieste del Papa di ritirare le sue truppe.

Poco dopo la sua ascensione, Innocenzo si mosse per mantenere il suo giuramento proclamando un concilio. I problemi che si crearono a Roma gli fornirono il pretesto, del quale non mancò di usufruire, per rimandare l'incontro, che veniva richiesto con urgenza da Carlo IV di Francia, da teologi dell'Università di Parigi come Pierre d'Ailly e Jean Gerson, che stavano sviluppando una teoria secondo la quale i Papi erano asoggettati ai concili, e da Rupert III, Re dei tedeschi, come unico mezzo per sanare lo scisma che da lungo tempo perdurava. Nelle condizioni del momento, Innocenzo non poteva garantire un passaggio sicuro a Benedetto, nel caso avesse deciso di recarsi a Roma per il concilio. Il suo rivale, fece sembrare che l'unico ostacolo alla fine dello scisma fosse la mancanza di volontà di Innocenzo. Non è necessario sottolineare che Innocenzo non mostrò alcun interesse alla proposta che lui e Benedetto abdicassero nell'interesse della pace.

Si disse che Innocenzo progettò la restaurazione dell'università romana, ma la sua morte pose fine a quelle voci.

Innocenzo morì a Roma, il 6 novembre 1406, così improvvisamente che ci furono voci di tradimento, che vennero subito e sempre negate. Non ci sono prove che la veridicità delle accuse per cui la sua morte non fosse dovuta a cause naturali. Suo successore fu Papa Gregorio XII.