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 Al contrario di altri suoi fratelli, non completò gli studi nel Collegio dei Nobili di Ravenna e, all'età di 14 anni, entrò nel monastero benedettino di S. Maria del Monte nella sua città natale, prendendo il nome di Gregorio. I suoi superiori, resisi conto delle capacità del giovane, lo inviarono quasi subito a Padova e a Roma a perfezionarsi nello studio della teologia.

Tenne vari corsi di insegnamento nei collegi dell'ordine a Parma e a Roma e fu successivamente nominato abate da Papa Pio VI, alla famiglia del quale era legato da vincoli di amicizia ma non di parentela; il 16 dicembre 1782 fu nominato vescovo di Tivoli. Il 14 febbraio 1785, per l'eccellente condotta tenuta in questa carica, ricevette la porpora cardinalizia e l'episcopato di Imola.

Il pontificato

Alla morte di Pio VI, il Sacro Collegio convocato dal decano cardinal Giuseppe Albani, si riunì in conclave a Venezia il 30 novembre 1799 nel monastero di San Giorgio. Il Chiaramonti, sostenuto dal cardinale e arcivescovo francese Maury e dal segretario del conclave stesso, Ercole Consalvi, fu eletto Papa il 14 marzo 1800, ma non fu incoronato nella Basilica di San Marco bensì in quella di San Giorgio Maggiore. Partito da Venezia a bordo di una fregata austriaca, la "Bellona", giunse a Pesaro e di qui proseguì per via di terra. In luglio fece il suo ingresso a Roma, ed in agosto nominò Consalvi cardinale diacono e segretario di stato, per poi iniziare ad occuparsi alacremente delle riforme amministrative, divenute ormai improrogabili.

La sua attenzione si concentrò subito sullo stato di anarchia in cui versava la chiesa francese la quale, oltre ad essere travagliata dal vasto scisma della costituzione civile del clero, aveva a tal punto trascurato la disciplina che gran parte delle chiese era stata chiusa. Alcune diocesi erano prive di vescovo, mentre altre ne avevano addirittura più di uno. Il Giansenismo e la pratica del matrimonio degli ecclesiastici si stavano diffondendo e fra i fedeli serpeggiavano l'indifferenza se non, addirittura, l'ostilità. Incoraggiato dal desiderio di Napoleone di ristabilire il prestigio della chiesa cattolica in Francia, Pio VII negoziò il famoso concordato sottoscritto a Parigi il 15 luglio e successivamente ratificato il 14 agosto 1801. L'importanza di questo accordo fu tuttavia notevolmente stemperata dai cosiddetti articoli organici aggiunti dal governo francese l'8 aprile 1802. La Francia, comunque, ritrovò la libertà di culto che la rivoluzione aveva soppresso.

Nel 1804 Napoleone iniziò a trattare con il papa la propria formale e diretta investitura come Imperatore. Dopo alcune esitazioni Pio si lasciò convincere a celebrare la cerimonia nella cattedrale di Notre Dame e a prolungare la sua visita a Parigi per altri 4 mesi ma, contrariamente alle aspettative, ne ricevette in cambio solo pochissime concessioni di secondaria importanza. Rientrato a Roma il 16 maggio 1805, fornì al collegio cardinalizio, allo scopo riunitovi, una versione ottimistica della situazione; nonostante ciò, lo scetticismo prese presto il sopravvento quando Napoleone cominciò a non rispettare il concordato del 1803, arrivando al punto da pronunciare d'autorità lui stesso l'annullamento del matrimonio del fratello Gerolamo con la moglie Miss Patterson di Baltimora. L'attrito fra la Francia ed il Vaticano montò così rapidamente che il 2 febbraio 1808 Roma fu occupata dal generale Miollis e, un mese più tardi, le province di Ancona, Macerata, Pesaro e Urbino furono annesse al Regno d'Italia. Rotte le relazioni diplomatiche fra Napoleone e Roma, con un decreto emesso a Schoenbrunn l'11 maggio 1809 l'imperatore annetteva definitivamente tutti i territori dello Stato Pontificio.

Pio VII, pur senza nominare l'Imperatore, emise una bolla di scomunica contro gli invasori; nel timore di un'insurrezione popolare il generale Miollis, di propria iniziativa, come sostenne Napoleone in seguito o, più probabilmente, per ordine del generale Radet, prese in custodia il Papa stesso. Nella notte del 5 luglio il Palazzo del Quirinale fu aperto con la forza e, in seguito all'ostinato rifiuto di annullare la bolla di scomunica e di rinunciare al potere temporale, il Pontefice fu arrestato e tradotto prima a Grenoble e in seguito a Savona. Qui egli si rifiutò con decisione di convalidare l'investitura dei vescovi nominati da Napoleone e, quando si scoprì che intratteneva segreti scambi epistolari, gli fu addirittura proibito di leggere e scrivere. Alla fine, coi nervi scossi dall'insonnia e dalla febbre, gli fu estorta la promessa verbale di riconoscere l'investitura dei vescovi francesi. Nel maggio 1812 Napoleone, col pretesto che gli Inglesi avrebbero potuto liberare il papa se questi fosse rimasto a Savona, obbligò il vecchio e infermo pontefice a trasferirsi a Fontainebleau; il viaggio lo provò a un punto tale che al passo del Moncenisio gli fu impartita l'estrema unzione. Superato il pericolo e giunto in salvo a Fontainebleau, fu alloggiato con tutti i riguardi nel castello per aspettarvi il ritorno dell'imperatore da Mosca. Appena rientrato, Napoleone intavolò immediatamente una serrata trattativa col papa che, il 25 gennaio 1813, accettò un concordato a condizioni tanto umilianti che non riuscì a darsi pace tanto che, su consiglio dei cardinali Bartolomeo Pacca e Ercole Consalvi lo rigettò pochi giorni dopo comunicando la sua decisione per iscritto all'Imperatore (che la tenne segreta) e, in seguito, pubblicamente il 24 marzo dello stesso anno. Nel mese di maggio, infine, osò sfidare apertamente il potere dell'imperatore dichiarando nulli tutti gli atti ufficiali compiuti dei vescovi francesi.

Dopo la battaglia di Lipsia e la conseguente entrata in Francia degli eserciti della coalizione nel gennaio 1814, Napoleone ordinò che il papa fosse ricondotto nella più sicura Savona, ma il precipitare degli eventi lo costrinse a liberarlo definitivamente e a consentirgli di rientrare nello Stato della Chiesa. L'8 marzo Pio lasciò Savona e il 24 maggio fu accolto a Roma da una folla esultante. Mentre Consalvi al Congresso di Vienna si assicurava la restituzione di quasi tutti i territori sottratti allo Stato della chiesa, a Roma la reazione si manifestava rabbiosamente; l'ordine dei Gesuiti veniva restaurato, la legislazione introdotta dalla Francia, in gran parte innovativa dal punto di vista sociale, veniva soppressa, le antiche e superate istituzioni dell'Indice e dell'Inquisizione reintrodotte.

Al suo ritorno da Vienna, il Consalvi introdusse un'amministrazione più snella ed altamente centralizzata, basata in gran parte sul Motu Proprio "Quando per ammirabile disposizione" emanato il 6 luglio 1816 da Pio VII: le novità più rilevanti riguardavano il sistema catastale e la ripartizione territoriale del suo Stato, suddiviso in tredici delegazioni, quattro legazioni oltre al Distretto di Roma ribattezzato Comarca di Roma. Nonostante ciò, le casse dello stato erano in condizioni disastrose, mentre il malcontento si coagulava principalmente intorno alla Società segreta, di ispirazione liberale, dei Carbonari, messa all'indice dal papa nel 1821.