Le circostanze della sua elezione non sono chiare, ma venne sponsorizzato da una delle potenti famiglie romane, la Casa di Spoleto, che all'epoca era in competizione sia per il Papato che per l'Impero.

Nel gennaio dell'897, Stefano VII ordinò un processo per sacrilegio, chiamato poi "sinodo del cadavere" (synod horrenda): l'imputato fu infatti il cadavere del defunto Papa Formoso, predecessore di Stefano VII (prima di Bonifacio VI). 

Formoso era ritenuto colpevole di essere salito al soglio pontificio grazie all'appoggio del partito filogermanico, e senza rinunciare alla sua precedente sede vescovile di Porto (Ostia).

Probabili istigatori di Stefano furono i vecchi nemici di Formoso, Lamberto da Spoleto (Imperatore eletto) e sua madre Ageltruda, che avevano ristabilito il loro prestigio a Roma verso l'inizio del 897 abbandonando le loro altre pretese sui territori dell'Italia centrale. 

Il processo, con il conseguente strazio del cadavere, suscitò una rivolta popolare in tutta Roma. 

La rivolta si concluse con la cattura di Stefano, che venne imprigionato a Castel Sant'Angelo, e ucciso per strangolamento nell'estate dello stesso anno.

Del breve pontificato di Stefano VII si ricordano, oltre al synod horrenda, soltanto le forzate dimissioni di alcuni vescovi ordinati da Formoso e la concessione di speciali privilegi ad alcune chiese. 

Sul piano politico, Stefano fu coinvolto nel conflitto fra Lamberto da Spoleto e Arnolfo di Carinzia, entrambi pretendenti alla corona del Sacro Romano Impero, senza peraltro giocare un ruolo significativo.